Δεν επιβάλλονται επιπλέον τόκοι. Επειδή όμως στην περίπτωση τραπεζικού δανεισμού δίδεται η δυνατότητα προκαταβολής στους προμηθευτές, τότε σύμφωνα με τους όρους της Επιχειρησιακής Συμφωνίας μεταξύ του Δικαιούχου και των Χρηματοπιστωτικών Οργανισμών η προκαταβολή αυτή είναι έντοκη, με τους τόκους να βαρύνουν τον Ωφελούμενο κι εφόσον μετά την ολοκλήρωση του φυσικού αντικειμένου του έργου κριθεί ότι δικαιούται των Κινήτρων του Προγράμματος, το αντίστοιχο ποσό τόκων που έχει καταβάλει ο Ωφελούμενος θα πιστωθεί στον καταθετικό του λογαριασμό με ευθύνη της Τράπεζας και μετά από έλεγχο και έγκριση της Ελληνικής Αναπτυξιακής Τράπεζας ΑΕ (πρώην ΕΤΕΑΝ ΑΕ) από τα διαθέσιμα του Ταμείου ΕΞΟΙΚΟΝΟΜΩ ΙΙ. Τέλος, υπάρχει επιβάρυνση που ανέρχεται σε ποσοστό 0,12% (Ν. 128/22-28.8.1975 – ΦΕΚ Α’ 178), η οποία επιβάλλεται στο μέρος του κεφαλαίου του χρηματοπιστωτικού οργανισμού (2/3 του συνόλου του δανείου).